经过与一十一（神木隆之介饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明饰）随女儿小润（森山树饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕…本片为SPEC系列完结篇的前篇。
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